重層扁平上皮の最深層で基底膜上に並列する一層の方形または円柱状の細胞。この細胞からなる層を基底細胞層という。活発な分裂能を有し漸次上層の細胞へと分化するとともに被蓋上皮の脱落細胞を補償する。表皮の基底細胞はメラニン顆粒を含有することが多い。特別の場合として嗅上皮の支柱細胞基底部の間に介在する円錐状の細胞及び唾液腺の終末部において腺細胞と基底膜の間にある紡錘形細胞も基底細胞と呼ばれる。ときとして睾丸組織のセルトリ細胞をもこう呼ぶことがある。扁平上皮とは主として扁平な上皮細胞によって作られる層状の上皮で食道粘膜上皮角膜上皮、皮膚上皮など。