真核生物の性を決定する染色体で、基本系はＸおよびＹ染色体から成る。多くの動物、下等植物（コケ類）は雌雄異体であるが、多くの高等植物、ホヤ類やある種の魚類は雌雄同体である。哺乳類は同型配偶子ＸＸが雌、異型配偶子ＸＹが雄を決定し（雄性異型配偶子ＸＸ／ＸＹ型）、減数分裂期にはＸＹでも部分的対合が起こる。ある種の動物（鱗翅目、毛翅目、鳥類）では、構成が逆で同型ＺＺが雄、異型ＺＷが雌となりＺＷ型で表す（雌性異型配偶子）。またＹ染色体を欠除したＸＯ型、ＯＺ型、ＸｎＹ、ＸＹｎ型（異数性）なども見いだされる。