放射性核種が体内に入った場合に、体内における放射能が半分になるまでの時間をいう。体内に摂取した放射性核種による被ばく量の算定に用いられる。実効半減期Teは、物理的半減期Tpと体内からの生理的排泄又は臓器・組織からの排除の半減期（生物学的半減期）Tbで決まり、この3者には 1/Te＝1/Tp＋1/Tb の関係式が成り立つ。これは体内における放射性物質の実効的な減衰係数（λe）が、壊変による物理的減衰係数（λp）と対外への排泄等による減衰係数（λb）の和（λe＝λp＋λb）で表され、他方、半減期はT＝ln2/λと減衰係数の逆数になるためである。例えば、¹³¹Iの場合には、Tp＝8d、Tb＝14d なので Te＝5.1d となる。