細胞質内にあって、核膜、小胞体、ゴルジ体などの液胞系とミトコンドリア、葉緑体などの膜状構造物の間を埋めている連続相である。種々の可溶性のタンパク質（例として、微小管を構成するタンパク質など）や酵素（解糖に関する酵素など）核酸、リボゾームを含むタンパク質合成系などを含んでいる。細胞分画法では、ミクロソーム分画を除いた上清の分画。生化学分野では、細胞質ゾル（サイトゾル）といわれている。また細胞内部で行われている原形質ゲルと原形質ゾルが容易に相互転換されることによる細胞運動の場となっている。