食品を摂取することによる健康への悪影響について、科学的知見に基づき客観的かつ中立公正にリスク評価を行う機関である。食生活を取り巻く環境の変化に的確に対応するため、平成15年5月に食品安全基本法が制定され、新たな食品安全行政が展開された。これにともない国民の健康の保護が最も重要であるという基本的認識の下、規制や指導等のリスク管理を行う関係行政機関（厚生労働省、農林水産省、消費者庁など）から独立しリスク評価を専門に行う機関として食品安全委員会が平成15年7月1日に内閣府に設置された。リスク評価はリスク管理機関からの評価要請を受けて実施するほか、必要に応じて「自ら評価」と呼ばれるリスク評価も実施している。委員会は7名の委員で構成され、その下に企画等専門調査会と添加物、農薬、微生物といった危害要因ごとに11の専門調査会が置かれている。