バクテリアともいう。固い細胞壁をもつ単細胞または単純な細胞集合体の生物で、染色体遺伝子は持っているが、核膜をもたない原核細胞である。形態により、球菌、桿菌、らせん菌、グラム染色性によってグラム陽性菌と陰性菌に分かれる。腸管内にはサルモネラ属等のグラム陰性菌が生息しており、通常は無害だが宿主の免疫抵抗力が減弱すると、内因感染の原因菌となる。５グレイ以上の全身被ばくの場合、腸上皮の再生は十分行なわれず、漬瘍が発生する。この部位から腸内細菌が侵入し、感染症を引き起こす。