原子力災害時に国、地方公共団体及び原子力事業者が連携して緊急時モニタリングを行うために整備する体制をいう。2013年改正の原子力災害対策指針において、その整備が定められた。センターは国が指揮し、緊急時モニタリング体制の調整と実施、結果の集約等を行い、関係機関に情報提供を行う。緊急時に組織が円滑に機能するように、緊急時モニタリングセンターに参画する者は平時から定期的な連絡会、訓練及び研修を通じ、意思疎通を深め、測定品質の向上に努めることとされている。