一般的には主として次の三つの意味で用いられている。（１）一つの系が二つ以上の相互に質的に区別できる部域または部分系に分れている状態。（２）一つの比較的単純で同質的な系が二つ以上の質的に異なった部域または部分系に分離する過程。（３）発生（個体発生、系統発生）しつつある一つの系の中で形態的、機能的に特殊化が進行し、特異性が確立される過程。例えば受精卵が卵割を重ねて多細胞系となり、さらに発生を続けて、個々の細胞が特殊化した細胞（筋細胞や神経細胞など）になることなどが分化の例である。