細菌の活動エネルギー源を無機化合物の酸化エネルギー、及び細胞構成のための炭素源や有機源を空気中の炭酸ガスに求める細菌を独立栄養細菌という。独立栄養細菌としては、硫黄、硫化イオンなどを硫酸に酸化する細菌、水素ガスを酸化して水にする細菌、鉄イオンを酸化する鉄酸化バクテリアなど、８０種類ほどが知られている。この独立栄養細菌の生活反応を利用して、硫化鉱物を酸化浸出したり、鉱山排水の処理が行なわれている。最近ウラン鉱床からのウランの回収にも利用しようと技術開発が行なわれている。この方法は、経済、技術、環境問題とあいまってその重要性を高めている。