電源立地対策および電源多様化対策に関する政府の経理を明確にするため、一般会計と区分して経理する電源開発促進対策特別会計が設けられている。この特別会計は、電源立地勘定および電源多様化勘定に区分されており、電源開発促進税の収入のほか、前年度の決算上の余剰金、一時借入金の借換えによる収入金および付属雑収入をもって歳入としている。