糖部分がＤ−２−デオキシリボースからなるヌクレオチド、すなわちデオキシリボヌクレオチドのリン酸エステルをデオキシリボヌクレオチドという。ＤＮＡ（デオキシリボ核酸）はデオキシリボヌクレオチドが重合したポリヌクレオチドである。デオキシリボヌクレオチドはＤＮＡの酵素的加水分解によって得られるが、遊離の形としては、ＤＮＡ合成の前駆物質として存在する。リン酸のつく位置がヌクレオチド中のＤ−２−デオキシリボースの３’または５’位の２カ所あるので２種類の異性体が存在するが、遊離の形で天然に存在するものはほとんどが５’−リン酸化合物である。